法令の遵守と、
契約の履行はまったく別物だと思うよ。

具体的な携帯の契約書を見たわけではないが、
たとえばキャリア側から、「rootを取った場合はサポートをしません」と書いてあった場合、
端末を購入した時点でそれに合意したことになるから、
rootを取った時点で契約範囲の対象外になるが、
それが法を逸脱したかどうかというと、別に違法ではない。

※改造して、電波法で許容される範囲外の電波を出すとかやったら、それは違法だけど。